ประสบการในสนามรบครั้งแรกของโทโง เริ่มต้นเมื่อเขาอายุได้ 15 ปี ในเหตุการณ์การระดมยิงคาโงชิมะ (สิงหาคม 1863) ซึ่งเมืองคาโงชิมะ ได้ถูกระดมยิงปืนใหญ่จากกองเรือราชนาวีอังกฤษ เพื่อตอบโต้ไดเมียวแห่งแคว้นซัตสึมะ เกี่ยวกับคดีฆาตกรรม ชาลส์ เลนน็อกซ์ ริชาร์ดสัน พ่อค้าชาวอังกฤษ และญี่ปุ่นปัดที่จะรับผิดชอบใด ๆ

ในปีถัดมา ซัตสึมะได้จัดตั้งกองเรือของตนเอง ซึ่งโทโง และพี่น้องอีก 2 คน ก็ได้ร่วมกับกองเรือนี้ด้วย ต่อมาในเดือนมกราคม 1868 ระหว่างสงครามโบชิงโทโงได้รับมอบหมายให้ประจำการบนให้เรือรบไอน้ำพายล้อ นาม คาซูงะ ซึ่งได้ร่วมต่อสู้ในยุทธนาวีอาวะใกล้กับเมืองโอซากะ เพื่อต่อต้านกองเรือของโชกุนโทกูงาวะ ซึ่งเป็นครั้งแรกของกองเรือญี่ปุ่นที่รบด้วยเรือทันสมัย

เมื่อความขัดแย้งแพร่กระจายไปยังภาคเหนือของญี่ปุ่น โทโงในฐานะเจ้าหน้าที่ชั้น 3 บนเรือคาซูงะ ได้ร่วมสมรภูมิครั้งสุดท้ายกับเรือลำนี้ ในการกวาดล้างกองกำลังบางส่วนของโชกุนโทกูงาวะที่ยังหลงเหลืออยู่และกำลังถอยร่นไปฮกไกโด ในยุทธนาวีที่อ่าวมิยาโกะ และยุทธนาวีฮาโกดาเตะ